安徽循环经济技术工程院是贯彻中国科学院新时期发展战略，结合国家中部崛起战略和建设合肥国家科技创新型试点市的需要，依托中国科学院合肥物质科学研究院的资源和技术优势，由中国科学院和安徽省人民政府院地合作共建的科技类事业单位。

安徽循环经济技术工程院实行理事会领导下的院长负责制。工程院旨在中国科学院和安徽省政府的指导下，发挥中央驻皖科研机构和大学的技术优势，与所在区域的科技资源整合，探索体制、机制创新，集聚各类人才。通过与企业和风险投资方面的合作搭建起产业化的公共技术平台、新产品开发的平台、科技成果与产业衔接的平台、创业人才集聚的平台、高科技风险投资的平台、政策试点的平台等，促进合肥科技创新试点市建设，推动安徽省高新技术成果转化及产业化，推进区域创新体系的构建。

在中国科学院和安徽省人民政府的领导下，工程院围绕六大科技领域创建了六部一中心：以环境监测与环境治理技术为基础的环境技术工程部；以等离子体物理、电力安全、微波、强磁场、低温与超导、超高真空、计算机与自动控制等学科为基础的电物理技术工程部；以离子束生物工程技术为基础的现代生物技术与医药工程部；以太阳能等再生能源的应用开发与能源管理为基础的新能源技术部；以纳米材料为主的新材料技术部；集农、畜、牧、林于一体的农业循环经济技术部和一个以培养复合型人才为目标的教育培训中心。目前，工程院正在大力推动大气成分监测技术、电物理工程应用技术、工业微生物技术的专业孵化平台建设，进一步探索以市场需求为导向，以企业投入为主体，以政府推动和风险投资为倍增器，以产业化队伍为抓手的产业化新模式。